从5月23日开始，菲律宾政府军开始在南部棉兰老岛马拉维市围剿反政府武装，截至目前已有上百人在战事中死亡。按照菲政府的说法，政府军很快将取得战斗胜利。但在分析人士看来，菲南部长期以来反政府武装盘踞，如今又有极端组织的渗入，单纯依靠菲政府军的强势围剿，恐怕很难给菲南部带来和平。

菲律宾武装部队发言人雷斯蒂图托·帕迪利亚5月30日表示，政府军与反政府武装在马拉维市的激战已造成超过100人死亡。帕迪利亚说，除个别区域外，军方已几乎控制马拉维市，预计战事将很快结束。他呼吁残余反政府武装分子尽快投降。据报道，马拉维市目前几乎成为一座空城，反政府武装“穆特组织”仍然控制着市中心。为了指挥南部战争，菲总统杜特尔特已经取消了6月上旬的访日计划。

此次马拉维市的激战始于5月23日。据外媒报道，当时菲军警接到线报，反政府武装阿布沙耶夫组织头目伊斯尼隆·哈皮隆计划当天在马拉维市与“穆特组织”首脑会面，而这两个组织计划在穆斯林斋月期间对马拉维发动重大袭击。警方包围了哈皮隆的住所但没有抓住其本人，“穆特组织”为了保护哈皮隆遂主动发起攻击。当时正在俄罗斯访问的杜特尔特随后宣布在棉兰老岛等地实施为期60天的戒严，他还表示，戒严可能会持续一年。

自上世纪70年代以来，菲南部活跃着多个分离主义武装组织，不断和政府军发生武装冲突。

最新的消息是，据菲政府5月31日说，总统杜特尔特已同意政府与该国最大的地方武装组织“摩洛伊斯兰解放阵线”合作，以加速将被困在战区内的平民转移到安全地带。

尽管菲政府表示将尽快结束战斗，但在分析人士看来，菲政府军要彻底掌控南部局势难度很大。长期以来，菲律宾南部一直是反政府武装活跃的地区。南部经济相比北部要落后很多，这为反政府武装生存提供了土壤。半个多世纪以来，菲政府与南部反政府武装的冲突已经累计造成12万人死亡，但没有一位总统能彻底解决南部问题。杜特尔特虽然以“铁腕”著称，且计划从国外购买先进武器，但菲政府军能否在军事上取得全面胜利，仍然是个未知数。