在攻读博士学位期间，蔡继明与谷书堂一起研究分配问题。1988年，他们合作的第一篇文章着重探讨了按劳分配理论与实践的矛盾，指出由于在社会主义初级阶段还存在着多种所有制，还存在着商品经济，劳动者的劳动还不具有直接的社会性，非劳动生产要素的稀缺性不仅直接影响到劳动的边际产量，而且还影响到单位劳动所创造的价值。所以，按劳分配所赖以实现的必要条件并不具备。

　　在此基础上，他和谷书堂教授又撰写了《按生产要素贡献分配是社会主义初级阶段的分配原则》。该文认为，社会主义初级阶段多种分配形式的实质是“按贡献分配”，即按劳动、资本、土地、技术、管理等各种生产要素对社会财富（即价值）的创造所作贡献来分配。

　　“按生产要素贡献分配是以承认各种生产要素共同参与价值创造为前提的，是对传统按劳分配理论的修正。”蔡继明说，这一理论以他的广义价值论为基础，曾一度受到一些著名学者的严厉批评，认为它否定了按劳分配和劳动价值论，甚至被当作资产阶级自由化观点受到批判。

　　但是，蔡继明坚信这一理论是有科学根据的，面对强大压力，蔡继明始终没有放弃和改变自己的观点，而是撰写了大量论文并开展实证分析研究，进一步阐述和完善按生产要素贡献分配理论。直到中国共产党第十六次全国代表大会正式确立了按生产要素贡献分配的原则，蔡继明的观点才得到了更大范围的认可和研究。

　　专注土地

　　1993年，已经在南开大学工作的蔡继明经别人介绍加入了中国民主促进会。1998年，经南开大学和民进天津市委会共同推荐，蔡继明担任了第九届全国政协委员，并连任3届，期间先后担任了全国政协港澳台侨委员会和经济委员会委员，并当选为十二届全国人大代表和十三届全国人大代表。

　　自1998年以来，蔡继明每年都认真准备提案议案，持续关注土地制度改革和城镇化。正因如此，他被舆论誉为“土地委员”。

　　“这是对我的褒奖，也是对我参政议政的肯定。”蔡继明说，首次参加全国政协会议时，他曾建议鼓励高中文化程度的下岗工人到农村支教，一方面解决农村地区教师资源短缺问题，另一方面也能解决一部分下岗工人再就业问题，可谓一举两得。

　　时任国务院主要领导同志看到这一提案后，肯定了该提案思想，但同时指出，下岗工人未必愿意到农村去。这让蔡继明感到，政协委员的建言献策要取得成效，必须密切关注现实问题，政策建议必须具有可操作性。

　　由于蔡继明从本科学士论文到博士论文乃至毕业后的科研与教学都是围绕价值理论和分配理论展开的，无论是作为价值决定的要素还是作为功能性分配的要素，土地都是不能忽视的重要因素。于是，出于专业优势和对现实“三农”问题的思考，蔡继明参政议政的重点很快转向了城市化和土地制度改革。

　　在蔡继明看来，一方面，“三农”问题是经济工作的重中之重。作为民主党派人士，要更有效地参政议政，当然要有的放矢地研究这个重要课题；另一方面，广义价值理论认为，不仅劳动创造价值，土地、资本、管理、技术也会创造价值。要更加深刻地认识价值分配问题，必定离不开土地问题的研究。为此，他经过大量研究分析，就分步逐步建立和放开城乡统一的建设用地市场提出了大量真知灼见。

　　在蔡继明担任全国政协委员的15年里，他一共撰写了30多份关于土地制度改革和城市化提案。最近6年，他以全国人大代表的身份，又撰写了30多份议案和建议，所以媒体又称他为“土地代表”。

　　“我很愿意做‘土地委员’和‘土地代表’。无论是作为政协委员参政议政，还是做人大代表反映民意，我都要立足专业，反映民声。”蔡继明说。

　　假日改革

　　2006年，蔡继明领导的研究团队通过大量研究发现，当时的黄金周制度弊大于利。由于集中放假导致交通拥堵，旅游景区人满为患，大大降低居民旅游幸福感，同时造成旅游资源过度开发消费，使旅游业的发展不可持续。此外，黄金周制度占用了过多的法定节假日资源，以致清明中秋端午等我国传统节日不能变成法定节假日。

　　当时担任民进中央经济委员会主任的蔡继明及时向民进中央提出建议：取消黄金周制度安排，把节省的法定假日分配给清明、中秋和端午，同时大力推行带薪休假制度。在2007年3月份，蔡继明又将这一建议作为全国政协委员提案提交给全国两会。

　　在民进中央副主席、全国政协常委、中国民间文艺家协会主席冯骥才等众多学者的共同努力下，这项提案的主要观点终于被中央采纳。2008年国务院调整了全国年节及纪念日放假安排，取消了“五一黄金周”，将清明、中秋、端午确定为法定节假日，同时颁布了职工带薪休假条例。