中西功的频繁活动，引起“特高课”的注意，于1942年5月被“特高课”逮捕押回国，日本政府和军部都为此“中共谍报团案”的规模而震惊。中西功从上海被押到东京后，受到严刑拷打，他始终不肯说出接头人，却坦然承认出于信仰向中共提供过情报。中西功被审时列举了掌握的大量国内数据，无可辩驳地说明了侵略战争持久的前景必然是经济崩溃和彻底战败。同时被捕的西里龙夫更以雄辩的教授式口才，把审讯室当成讲堂。集体庭审时，中西功和西里龙夫等又侃侃而谈，警视厅官员和看守们都愣着听讲，主审法官急忙窘迫地打断讲话说：“此处不是宣传共产主义的讲坛，今天闭庭。”1944年被日本法庭宣判死刑。宣判书称：“彼等不怕牺牲，积极努力，用巧妙之手段，长期进行侦察活动，其于帝国圣业、国家安全、大东亚战争及友邦胜负，危害之大，令人战栗。”所幸的是，死刑还未及执行便迎来日本投降。战后，中西功拖着伤病之躯为重建日本共产党奔走，长期任神奈川县委员长，1973年病逝。

　　据他的夫人回忆，1973年中西功患胃癌处于弥留之际，最后怀念的仍是在上海的斗争岁月，断续地说：“我真想去看看！……看看那些街道，那些胜利的人们。……他们有了自己的共和国……”他在法庭上反驳“叛国罪”的指控时说：“制止日本侵华战争，能使日华人民从毁灭性的灾难中解脱出来，实现日华和平和日华人民世代友好，这是两国人民的莫大幸福和根本利益所在。”正是出于这种理念，他与帝国主义的间谍完全不同，提供情报完全出于信仰而从不要报酬，党组织困难时还以个人积蓄倾囊相助。中西功以及其他日本革命志士对中国革命和抗日战争的重大贡献，对中日和平和中日友好所作的卓越斗争，将永远牢记在中国人民和世界革命人民的心中。