2006-07赛季，利物浦时隔2年再度与AC米兰会师欧冠决赛，阿隆索发挥出色，但未能帮助球队再续奇迹。

　　2004年8月，阿隆索转回英超“红军”利物浦，2个月后他用一脚直接任意球破门取得了自己的英超生涯首球。2005年，利物浦与AC米兰会师欧冠决赛，在上半场3球落后的情况下，利物浦在下半场连追3球，顽强地将比赛拖入加时，而第3粒扳平的进球正是阿隆索顶住压力攻入的。最终，利物浦在点球大战中笑到了最后，阿隆索也获得了自己职业生涯的首个欧冠冠军。夺冠后，阿隆索成为了球队铁打的主力球员，虽然时而受到伤病的影响而使主力位置受到挑战，但阿隆索的能力与重要性始终能赢回教练与队友们的信任。