2009年4月，成立第一家孵化器“北京牡丹科技孵化器有限公司”，在系统内开创开展科技孵化产业先河。2011年12月，牡丹科技孵化器被正式认定为“北京高新技术产业专业孵化基地”。2012年牡丹科技孵化器（牡丹园）被科技部认定为国家级孵化器，之后被工信部认定为国家小型微型企业创业创新基地，成为牡丹园区建设的重要标志。2015年，牡丹创新孵化器被科技部认定为国家级科技孵化器。图为牡丹科技孵化器（牡丹园）实景图。
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